أثار نظام شهادة البكالوريا المصرية جدلًا واسعًا في الأوساط التعليمية وأولياء الأمور، خاصة بعد تداول أنباء عن صعوبة مناهجه مقارنة بالثانوية العامة التقليدية، وفي هذا الإطار، أكد شادي زلطة، المتحدث باسم وزارة التربية والتعليم والتعليم الفني، في تصريحات صحفية، أن المناهج الدراسية في النظامين متطابقة إلى حد كبير، سواء في الصف الأول الثانوي أو في الصفين الثاني والثالث، مع وجود فروق بسيطة لا تتجاوز 20%